Table 1

Relative frequencies of the codons coding isoleucine (I) and arginine (R) in the different classes of genes


Helicobacter
 Salmonella
 Escherichia
 Streptococcus


Amino acid
 Codon
 Natives
 LTG
 IS
 Natives
 LTG
 IS
 Phages
 Natives
 Recent LTG
 Ancient LTG
 IS
 Phages
 Natives
 LTG
 IS
I
 ATA
 0.12
 0.26
 0.27
 0.08
 0.23
 0.29
 0.12
 0.06
 0.32
 0.25
 0.23
 0.14
 0.08
 0.25
 0.12

ATT
 0.50
 0.50
 0.36
 0.49
 0.48
 0.33
 0.47
 0.51
 0.37
 0.46
 0.34
 0.46
 0.54
 0.57
 0.48

ATC
 0.38
 0.24
 0.37
 0.43
 0.29
 0.38
 0.41
 0.43
 0.31
 0.29
 0.43
 0.40
 0.38
 0.18
 0.39






R
 AGA
 0.26
 0.45
 0.58
 0.03
 0.14
 0.16
 0.07
 0.03
 0.18
 0.15
 0.08
 0.09
 0.14
 0.36
 0.25

AGG
 0.25
 0.18
 0.21
 0.02
 0.10
 0.16
 0.05
 0.02
 0.16
 0.08
 0.07
 0.07
 0.04
 0.11
 0.07

CGA
 0.07
 0.07
 0.04
 0.06
 0.11
 0.19
 0.08
 0.06
 0.10
 0.11
 0.12
 0.08
 0.11
 0.11
 0.20

CGT
 0.14
 0.14
 0.06
 0.35
 0.26
 0.24
 0.30
 0.39
 0.17
 0.26
 0.30
 0.30
 0.50
 0.28
 0.27

CGC
 0.25
 0.14
 0.06
 0.43
 0.23
 0.13
 0.36
 0.41
 0.23
 0.25
 0.26
 0.26
 0.17
 0.10
 0.16

CGG
 0.03
 0.02
 0.04
 0.11
 0.15
 0.11
 0.13
 0.09
 0.17
 0.15
 0.16
 0.20
 0.04
 0.04
 0.07

Underlined numbers refer to the frequency in laterally transferred genes (LTG). Bold numbers refer to codons that are overexpressed in LTG.

Daubin et al. Genome Biology 2003 4:R57   doi:10.1186/gb-2003-4-9-r57

Open Data