Table 4

Multivariate D-index analysis

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Opt.


JRH-1

MPI (A)

0.21

0.19

0.03

0.03

0.05

0.06

0.43

0.12

0.04

0.16

0.15

Grade

0.06

0.07

0.11

0.05

0.10

0.11

0.05

0.08

0.10

0.10

0.05

Node status

0.79

0.73

0.96

0.86

0.93

0.89

0.65

0.87

0.83

0.91

0.91

Size

0.07

0.01

0.02

0.05

0.03

0.05

0.04

0.02

0.02

0.11

0.11

MPI (B)

0.22

0.31

0.08

0.06

0.13

0.14

0.42

0.18

0.11

0.16

0.16

NPI

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

0.01

<0.005

<0.005

<0.005

0.01

0.01

UPP

MPI (A)

0.01

0.01

0.06

0.01

0.02

0.01

<0.005

0.01

0.01

0.01

0.01

Grade

0.72

0.84

0.85

0.90

0.98

0.99

0.73

0.83

0.85

0.88

0.83

Node status

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

Size

0.02

0.02

0.02

0.02

0.02

0.02

0.02

0.03

0.02

0.02

0.02

MPI (B)

0.02

0.03

0.12

0.02

0.04

0.03

0.01

0.02

0.02

0.02

0.02

NPI

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

0.01

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

<0.005

JRH-2

MPI (A)

0.01

0.01

0.01

0.01

0.02

0.01

0.01

0.04

0.01

<0.005

0.01

Grade

0.19

0.10

0.24

0.24

0.07

0.15

0.23

0.13

0.21

0.43

0.10

Node status

0.44

0.16

0.76

0.45

0.24

0.35

0.67

0.50

0.25

0.37

0.24

Size

0.12

0.73

0.28

0.28

0.93

0.82

0.27

0.47

0.35

0.36

0.97

MPI (B)

<0.005

<0.005

0.01

0.01

<0.005

0.01

<0.005

0.01

<0.005

<0.005

<0.005

NPI*

0.51

0.53

0.75

0.58

0.97

0.78

0.99

0.63

0.50

0.47

0.96


Given are the rounded p values (to two significant digits) of the D-indices for two multivariate models, model A is log(h(t)) ~ (Grade) + (NodeStatus) + (TumorSize) + MPIp and model-B is log(h(t)) ~ NPI + MPIp, in the three external cohorts JRH-1, UPP and JRH-2. Columns label the 10 different derived molecular classifiers, depending on the training-test set partition p used, and the optimal 52-gene classifier. *For JRH-2 only 36 samples with NPI information were available. Opt., optimal.

Teschendorff et al. Genome Biology 2006 7:R101   doi:10.1186/gb-2006-7-10-r101

Open Data