Table 3

IPS result overview (SwissProt only article collection)

Team

Run

Precision

Recall

F score

4

1

0.3908

0.2970

0.2849

6

1

0.3150

0.3356

0.2871

6

2

0.2519

0.2868

0.2308

6

3

0.2632

0.3394

0.2532

11

1

0.0562

0.2850

0.0770

11

2

0.0562

0.2850

0.0770

11

3

0.0569

0.2879

0.0780

14

1

0.1975

0.1543

0.1510

14

2

0.2113

0.1430

0.1552

14

3

0.1287

0.1157

0.1079

17

1

0.0452

0.2765

0.0684

17

2

0.1138

0.2274

0.1334

17

3

0.1901

0.2396

0.1862

19

1

0.0882

0.2287

0.1092

19

2

0.1200

0.2912

0.1453

19

3

0.1750

0.2748

0.1865

28

1

0.1566

0.3189

0.1784

28

2

0.2434

0.2828

0.2247

28

3

0.3696

0.3268

0.3042

30

1

0.0624

0.2153

0.0824

30

2

0.0367

0.2533

0.0557

30

3

0.1646

0.1964

0.1468

36

1

0.0456

0.1243

0.0560

36

2

0.0202

0.0997

0.0295

36

3

0.0560

0.1362

0.0686

40

1

0.0824

0.2672

0.1083

40

2

0.2751

0.2737

0.2355

42

1

0.0177

0.4368

0.0307

42

2

0.2522

0.2331

0.2112

42

3

0.2278

0.2158

0.1970

43

1

0.0412

0.1032

0.0491

43

2

0.1032

0.0836

0.0803

43

3

0.0734

0.1082

0.0731

47

1

0.0876

0.1964

0.0931

47

2

0.0940

0.1988

0.0978

47

3

0.0791

0.1920

0.0860

49

1

0.0107

0.1085

0.0186

49

2

0.0246

0.0564

0.0319

49

3

0.0234

0.0871

0.0340

58

1

0.0000

0.0000

0.0000

58

2

0.0000

0.0000

0.0000

58

3

0.0000

0.0000

0.0000

60

1

0.0384

0.1113

0.0422

60

2

0.0179

0.0631

0.0213

60

3

0.0281

0.0686

0.0314

Interaction pair subtask (IPS) results, SwissProt only. Average precision, recall, and F score obtained for the SwissProt-only test set articles for each of the evaluated runs of the IPS.

Krallinger et al. Genome Biology 2008 9(Suppl 2):S4   doi:10.1186/gb-2008-9-s2-s4