Table 6

Example haplotype inference across a series of loci from real data

Locus

p₀

p₁

c₀

c₁

c₂

c₃

c₄

# Rec

8

hap

〈a, a〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, a〉

0

〈-, 0〉

〈-, 1〉

〈-, 1〉

〈-, 1〉

〈-, 0〉

12

hap

〈g, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

〈g, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

0

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈1, 0〉

14

hap

〈c, a〉

〈c, a〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈c, c〉

〈a, c〉

〈a, c〉

2

14

hap

〈c, a〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈c, c〉

〈a, c〉

〈c, a〉

3

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

〈1, 0〉?

〈1, 0〉

〈1, 1〉?

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉?

16

hap

〈a, a〉

〈g, a〉

〈a, g〉

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

3

16

hap

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

3

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈1, 1〉

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

17

hap

〈t, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

4

17

hap

〈t, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

3

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

An example from the real dataset described in Results. The loci are from chromosome 3 and we number them sequentially in the order they occur physically. For simplicity and conciseness, we omit uninformative loci and one non-recombinant fully informative locus between locus 8 and 12. Bold inheritance vector values indicate recombinations. Each state lists its total number of recombinations. Note that the state at locus 14 with minimum recombinations is ultimately not minimum-recombinant globally. See the Example subsection for a detailed description of this table.

Williams et al. Genome Biology 2010 11:R108   doi:10.1186/gb-2010-11-10-r108