Table 6

Example haplotype inference across a series of loci from real data

Locus

p0

p1

c0

c1

c2

c3

c4

# Rec


8

hap

〈a, a〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, a〉

0

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M18','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M18">View MathML</a>

〈-, 0〉

〈-, 1〉

〈-, 1〉

〈-, 1〉

〈-, 0〉

12

hap

〈g, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

〈g, t〉

〈t, t〉

〈t, t〉

0

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M19','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M19">View MathML</a>

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈1, 0〉




14

hap

〈c, a〉

〈c, a〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈c, c〉

〈a, c〉

〈a, c〉

2

14

hap

〈c, a〉

〈a, c〉

〈a, c〉

〈a, a〉

〈c, c〉

〈a, c〉

〈c, a〉

3

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M20','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M20">View MathML</a>

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0

〈1, 0〉?

〈1, 0〉

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M21','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M21">View MathML</a>

〈1, 1〉?

〈1, 0

〈0, 1〉

〈1, 1〉

0, 0〉?

16

hap

〈a, a〉

〈g, a〉

〈a, g〉

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

3

16

hap

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

〈a, g〉

〈a, g〉

〈a, a〉

3

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M22','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M22">View MathML</a>

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

〈1, 0〉

〈1, 1

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M23','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M23">View MathML</a>

〈1, 1〉

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

17

hap

〈t, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

4

17

hap

〈t, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

〈c, c〉

〈t, c〉

3

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M24','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M24">View MathML</a>

〈1, 0〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉

〈1, 0〉

0, 1〉

<a onClick="popup('http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M25','MathML',630,470);return false;" target="_blank" href="http://genomebiology.com/2010/11/10/R108/mathml/M25">View MathML</a>

〈1, 1〉

〈1, 0〉

〈0, 1〉

〈1, 1〉

〈0, 0〉


An example from the real dataset described in Results. The loci are from chromosome 3 and we number them sequentially in the order they occur physically. For simplicity and conciseness, we omit uninformative loci and one non-recombinant fully informative locus between locus 8 and 12. Bold inheritance vector values indicate recombinations. Each state lists its total number of recombinations. Note that the state at locus 14 with minimum recombinations is ultimately not minimum-recombinant globally. See the Example subsection for a detailed description of this table.

Williams et al. Genome Biology 2010 11:R108   doi:10.1186/gb-2010-11-10-r108

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